ERROR Readline Java File UTF8

Este error ocurre cuando se lee un archivo de texto guardado en sistemas operativos UNIX/LINUX en donde se guardan ciertos byte que le dan la codificación UTF-8, lo cual entorpece la comparación del método a byte[] incluya estos caracteres haciendo que una simple comparación de String sea distinta a lo esperado.

    /**
 * 
 * 
 * @param s string a remover caracter UTF8
 * @return 
 */
    private static String removeUTF8BOM(String s) {
        if (s.startsWith("\uFEFF")) {
            s = s.substring(1);
        }
        return s;
    } 

por ejemplo una aplicacion seria:

BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(files[i]));
                String header = readLine(reader);
                reader.close();

                String fileRegistroDebloqueo;
                String fileDesbloqueoDebloqueo;
                header = removeUTF8BOM(header);
                header = header.toUpperCase();
                if (header.equals("CUENTA")) {
                    compania = "CLARO";
                } else {
                    compania = extractCompany(files[i]);
                }